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  2. High-Throughput Miniaturized Synthesis of PROTAC-Like Molecules
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    Dataset: High-Throughput Miniaturized Synthesis of PROTAC-Like Molecules

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    Alternate identifier:
    -
    Related identifier:
    (Is Identical To) https://publikationen.bibliothek.kit.edu/1000172743 - URL
    Creator/Author:
    Tian, Ye [Tian, Ye]

    Seifermann, Maximilian [Institut für Biologische und Chemische Systeme (IBCS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Bauer, Liana [Institut für Biologische und Chemische Systeme (IBCS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Luchena, Charlotte [Institut für Biologische und Chemische Systeme (IBCS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Wiedmann, Janne Jasmin [Institut für Biologische und Chemische Systeme (IBCS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Schmidt, Stefan [Schmidt, Stefan]

    Geisel, Alexander [Geisel, Alexander]

    Afonin, Sergii [Institut für Biologische Grenzflächen (IBG), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Brehm, Marius [Institut für Biologische und Chemische Systeme (IBCS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Höpfner, Julius [Institut für Biologische und Chemische Systeme (IBCS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Liu, Xinyong [Liu, Xinyong]

    Hopf, Carsten [Hopf, Carsten]

    Popova, Anna A. [Institut für Biologische und Chemische Systeme (IBCS), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]

    Levkin, Pavel https://orcid.org/0000-0002-5975-948X [Institut für Organische Chemie (IOC), Karlsruher Institut für Technologie (KIT)]
    Contributors:
    -
    Title:
    High-Throughput Miniaturized Synthesis of PROTAC-Like Molecules
    Additional titles:
    -
    Description:
    (Abstract) The development of miniaturized high-throughput in situ screening platforms capable of handling the entire process of drug synthesis to final screening is essential for advancing drug discovery in the future. In this study, an approach based on combinatorial solid-phase synthesis, enabling the effic... The development of miniaturized high-throughput in situ screening platforms capable of handling the entire process of drug synthesis to final screening is essential for advancing drug discovery in the future. In this study, an approach based on combinatorial solid-phase synthesis, enabling the efficient synthesis of libraries of proteolysis targeting chimeras (PROTACs) in an array format is presented. This on-chip platform allows direct biological screening without the need for transfer steps. UV-induced release of target molecules into individual droplets facilitates further on-chip experimentation. Utilizing a mitogen-activated protein kinase kinases (MEK1/2) degrader as a template, a series of 132 novel PROTAC-like molecules is synthesized using solid-phase Ugi reaction. These compounds are further characterized using various methods, including matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDI-MS) imaging, while consuming only a few milligrams of starting materials in total. Furthermore, the feasibility of culturing cancer cells on the modified spots and quantifying the effect of MEK suppression is demonstrated. The miniaturized synthesis platform lays a foundation for high-throughput in situ biological screening of potent PROTACs for potential anticancer activity and offers the potential for accelerating the drug discovery process by integrating miniaturized synthesis and biological steps on the same array.

    The development of miniaturized high-throughput in situ screening platforms capable of handling the entire process of drug synthesis to final screening is essential for advancing drug discovery in the future. In this study, an approach based on combinatorial solid-phase synthesis, enabling the efficient synthesis of libraries of proteolysis targeting chimeras (PROTACs) in an array format is presented. This on-chip platform allows direct biological screening without the need for transfer steps. UV-induced release of target molecules into individual droplets facilitates further on-chip experimentation. Utilizing a mitogen-activated protein kinase kinases (MEK1/2) degrader as a template, a series of 132 novel PROTAC-like molecules is synthesized using solid-phase Ugi reaction. These compounds are further characterized using various methods, including matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDI-MS) imaging, while consuming only a few milligrams of starting materials in total. Furthermore, the feasibility of culturing cancer cells on the modified spots and quantifying the effect of MEK suppression is demonstrated. The miniaturized synthesis platform lays a foundation for high-throughput in situ biological screening of potent PROTACs for potential anticancer activity and offers the potential for accelerating the drug discovery process by integrating miniaturized synthesis and biological steps on the same array.

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    (Technical Remarks) Dataset: High-Throughput Miniaturized Synthesis of PROTAC-Like Molecules

    Dataset: High-Throughput Miniaturized Synthesis of PROTAC-Like Molecules

    Keywords:
    -
    Related information:
    -
    Language:
    -
    Publishers:
    Karlsruhe Institute of Technology
    Production year:
    2023
    Subject areas:
    Biology
    Resource type:
    Dataset
    Data source:
    -
    Software used:
    -
    Data processing:
    -
    Publication year:
    2024
    Rights holders:
    Tian, Ye

    Seifermann, Maximilian

    Bauer, Liana

    Luchena, Charlotte

    Wiedmann, Janne Jasmin

    Schmidt, Stefan

    Geisel, Alexander

    Afonin, Sergii

    Brehm, Marius

    Höpfner, Julius

    Liu, Xinyong

    Hopf, Carsten

    Popova, Anna A.

    Levkin, Pavel https://orcid.org/0000-0002-5975-948X
    Funding:
    -
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    Name Storage Metadata Upload Action
    Status:
    Published
    Uploaded by:
    kitopen
    Created on:
    2024-07-23
    Archiving date:
    2024-07-26
    Archive size:
    42.0 GB
    Archive creator:
    kitopen
    Archive checksum:
    6f1bdfc11e80f1d81d98dceebaacbb35 (MD5)
    Embargo period:
    -
    The metadata was corrected retroactively. The original metadata will be available after download of the dataset.
    dataset/High-Throughput Miniaturized Synthesis of PROTAC-Like Molecules
    DOI: 10.35097/duBqHzsCIlsbDxIB
    Publication date: 2024-07-26
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    This work is licensed under
    CC BY 4.0
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    Tian, Ye; Seifermann, Maximilian; Bauer, Liana; et al. (2024): High-Throughput Miniaturized Synthesis of PROTAC-Like Molecules. Karlsruhe Institute of Technology. DOI: 10.35097/duBqHzsCIlsbDxIB
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